Étude de faisabilité de l’implémentation de la cytométrie en flux dans une unité de préparation de transplants de microbiote fécal

Introduction
Le développement de méthodes analytiques pour le contrôle des transplants fécaux (TF) est un objectif majeur des unités de préparation. La caractérisation en cytométrie, en plus de la qualification microbiologique des dons, apporterait une assurance complémentaire de leur qualité. La cytométrie en flux est une méthode qui permettrait de dénombrer les micro-organismes (MO) et d’approximer leur part viable dans les TF. Ce projet vise à étudier la mise en place de cette méthode dans une unité de préparation de TF.

Matériels et méthode
Des périodes d’essais d’un mois sur deux cytomètres ont été réalisées : le CyFlow^® Cube 6 (Sysmex^®) et le CytoFLEX^® S (Beckman Coulter^®). L’ergonomie, les temps de manipulation et d’analyse, la facilité de prise en main du logiciel, le prix d’achat et le cout des consommables, ont été comparés. Des couples de marqueurs ciblant l’ADN, avec des caractéristiques de perméabilité membranaire différente ont été utilisés SYTO™9/Iodure de propidium (IP) et CyStain™ Green/Red. Les analyses ont été effectuées en triplicats sur des échantillons de transplants issus de différents modes de préparation et conservation utilisés en routine, pour évaluer la répétabilité.

Résultats
Le temps d’analyse est plus court et le nombre de manipulations moindres pour le CytoFLEX^® (homogénéisation et rinçage complétement automatisés). Il est possible d’upgrader le CytoFLEX^® en ajoutant des lasers sans changer d’instrument. Les deux appareils sont compacts. L’ordinateur est intégré dans le CyFlow^® mais pas les bouteilles de liquide de gaine et de poubelle. Certains consommables du CyFlow^® sont captifs. Pour les 2 appareils, le prix est équivalent et comprend une formation complète. La préparation des échantillons consiste en une dilution au 106 avec du NaCl 0,9% et des marqueurs. Les TF analysés contiennent entre 109 et 1012 MO/g de selle. . Les coefficients de variation de la viabilité et du dénombrement étaient respectivement <13% et <2%. Une plus grande proportion de cellules est marquée à l’IP pour les TF congelés en suspension sans glycérol. Des différences de nombre de MO ou de proportion marquée par l’IP semblent se dégager en fonction des donneurs notamment pour les selles natives congelées.

Conclusion
Les appareils testés nous ont permis de considérer que la cytométrie en flux semblait adaptée au contrôle des transplants de microbiote fécal. Cette méthode apporte un résultat rapide et répétable. Afin de compléter ce travail une collaboration avec une équipe de recherche a débuté pour augmenter notre expertise, développer et valider notre méthode. La cytométrie en flux nous permettra ensuite la mise en œuvre de protocoles de recherche et favorisera l’innovation, notamment pour la mise en œuvre de nouvelles formes galéniques.

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