Évaluer la viabilité microbienne autrement : la cytométrie d’impédance face à la culture

Introduction
Le développement de méthodes analytiques pour le contrôle qualité des transplants fécaux (TF) constitue un enjeu majeur pour les unités de préparation. Une étude précédente a démontré qu’il était possible d’estimer la charge microbienne totale ainsi que sa viabilité dans les TF par cytométrie en flux. Toutefois, cette technologie reste coûteuse et complexe à mettre en œuvre. La cytométrie de flux par impédance (CFI) représente une alternative plus simple et économique. Elle permet de compter et d’analyser les cellules en mesurant les variations de courant électrique lorsqu’elles traversent, individuellement, un champ électromagnétique. Cette étude vise à comparer les résultats obtenus par CFI à ceux d’une méthode de référence, la culture, dans le but d’évaluer la pertinence de son utilisation pour le contrôle des TF.

Matériels et méthodes
Les analyses ont été réalisées sur selles (fraîches ou congelées) de donneurs sains (DS), validés ou non, ainsi que de selles diarrhéiques de patients (DM) par méthode CFI et par culture. Les échantillons ont été d’abord homogénéisés dans une solution de NaCl 0,9 %, puis vortexés en présence de billes de verre pour désagréger les particules. Après filtration et la suspension fécale a été diluée dans du PBS pour obtenir une concentration comprise entre 103 et 5 x 106 particules/mL nécessaire à la mesure par CFI. Chaque échantillon a ensuite été analysé par CFI, puis redilué avant d’être ensemencé sur géloses Colombia + 5% de sang de mouton (biorad) incubées en aérobiose (48 h) et anaérobiose (5 j). Les résultats obtenus par les deux méthodes ont été comparés statistiquement avec un test de Student ( = 5%).

Résultats
L’analyse a porté sur 20 échantillons : 10 issus de DS et 10 de DM. Parmi ceux-ci, 15 étaient des selles fraîches (dont 10 de DM), 2 étaient congelées et 2 des TF. La comparaison statistique montre qu’il n’existe pas de différence significative entre les deux méthodes de numération (8,6 ± 1,6 log/mL par CFI contre 8,06 ± 1,3 log/mL par culture ; p-value = 0,175). La viabilité cellulaire moyenne mesurée par CFI s’élève à 31,6 ± 18,5 %. Les échantillons provenant de DS présentent une viabilité moyenne significativement supérieure (41,8 ± 10,9 %) à celle des DM (21,5 ± 19,4 %). Cependant, il n’y a pas de différence significative entre les échantillons frais de DS et ceux ayant subi une étape de congélation (48,6 ± 8,4 %, vs 34,9 ± 7,1 %).

Discussion
La CFI apparaît comme une méthode rapide et facile à mettre en œuvre pour estimer à la fois la concentration totale et la viabilité des bactéries, sans recours à des marqueurs spécifiques. Nos résultats indiquent une bonne concordance entre les quantifications obtenues par CFI et par culture, ce qui confirme la robustesse de la méthode. Néanmoins, contrairement à d’autres techniques d’analyse du microbiote fécal, la CFI ne permet pas l’identification des espèces bactériennes, limitant ainsi la portée des résultats

Mots-clés : transplant fécal - contrôle microbiologique – cytométrie d’impédance